Клаусова синагога была построена в 1573 году и после разрушительного пожара в гетто в 1689 году  была восстановлена общиной в 1694 году. Последняя реставрация здания датируется 1880 годом. Ее название восходит к старому немецкому слову "Klause", что в переводе означает "маленький домик", и к латинскому "claustrum"("монастырь"). Синагога состояла из трех маленьких зданий - "клаусов", которые были возведены по инициативе Мордеччея Маизеля. Она относилась к Пражскому похоронному братству.
Здесь интересные выставки печатных изданий и рукописей, предметов быта, еврейских традиций и обычаев.