Поселению уже более 4 тысяч лет, и его история связана со многими значимыми событиями. Одно из них - встреча двух женщин: Марии - матери Иисуса и Елизаветы - матери Иоанна Крестителя. Именно Иоанну Крестителю в Эйн-Керем посвящено наибольшее количество церквей, храмов и монастырей.