Первый храм на месте рождения Иоанна Крестителя был построен в IVвеке н.э. Это установили в процессе раскопок при возведении последнего здания в конце XIX века, когда раскопали остатки прекрасной напольной мозаики в византийском стиле. Из хроник известно, что спустя два века храм был разрушен самаритянами, они убили всех монахов, живших там. Потом на развалинах в XII веке крестоносцы построили церковь, а после их изгнания арабы устроили здесь конюшню и постоялый двор.