В 1894 году, чтобы спасти место, связанное с земным служением Спасителя,  францисканский орден из Неаполя  на собранные средства выкупил руины и значительную часть территории Капернаума. Монахи ордена оградили синагогу забором, засыпали ее землей и посадили деревья, предотвращая дальнейшее разграбление.
После немецкой экспедиции Коля и Ватцингера в 1906 - 1915 гг. раскопки продолжил францисканец Венделин фон Менден, который открыл восьмиугольную церковь ранневизантийского времени, расположенную к югу от синагоги.
С 1968 года планомерные раскопки проводились францисканцами Виргилио Корбо и Станислао Лоффереда, о чем свидетельствует одна из колонн с памятной надписью на латинском языке.