В середине V в.н.э. над домом была воздвигнута восьмиугольная церковь, которая функционировала до VII в. н.э. Ученые предполагают, что дом Святого Петра использовался как место собраний христианской общины уже со второй трети I века н.э.. Найденная керамика того времени представлена в основном фрагментами светильников, кухонная и столовая керамика отсутствуют, что необычно для жилого дома.
На стенах дома - многочисленные граффити, процарапанные на штукатурке. Самые ранние из них датируются началом III века, а наиболее поздние - V в.н.э. Надписи сделаны на греческом (151), сирийском (13), арамейском (9) и латинском (2). Христианское их содержание несомненно - присутствует имя Иисуса, который назван Господом, Богом, Христом, Высочайшим, а также христограмма и литургические обороты. В длинной сирийской надписи содержится упоминание евхаристии. Встречается и имя Петра. Очевидно, что дом посещался не только местными христианами, но и паломниками из дальних стран.