В ходе дальнейших исследований, когда был сдвинут один из камней, которыми вымощен пол синагоги, археологи обнаружили под ним тонкий слой штукатурки. Под штукатуркой нашли около 30 тысяч монет, датированных IV веком н.э. Таким образом, был сделан вывод, что строение относится к IV веку. Но в оставшихся фрагментах ученые выявили два строительных уровня. Верхняя часть была возведена из известняковых блоков, каждый весом до четырех тонн, эти руины получили название "Белая синагога". Она была возведена местной еврейской общиной в конце IV века н.э. на фундаменте синагоги I века н.э., которую построил центурион. Этот факт был установлен в 1969 году археологами-францисканцами, заложившими несколько траншей рядом с руинами и прокопавшими несколько шурфов внутри синагоги. Нижняя постройка сделана из черного вулканического камня и именуется "Черная синагога".