После образования государства Израиль в четырех километрах от церкви Собора Двенадцати Апостолов пролегла сирийско-израильская граница, и на приграничной территории не могли находиться ни священнослужители, ни паломники. Храм пришел в упадок.
Местные друзы устроили в церкви коровник.
После Шестидневной войны 1967 года граница Израиля и Сирии переместилась дальше на восток, и по требованию Греческой Патриархии территория и строения монастыря были ей возвращены. С 1969 года началось переустройство. В храме не осталось икон, со стен осыпалась штукатурка, оконные стекла были выбиты, и во время дождей вода затекала вовнутрь. Сохранился только каменный иконостас, сооруженный еще при Патриархе Дамиане в 1931 году.